Poprvé byl zatčen 20. března 1919, když vyučoval náboženství na gymnáziu v Zalaegerszegu. Sociálně demokratická vláda hraběte Michaela Karolyiho, vytvořená v říjnu 1918 se v březnu 1919 spojila s komunistickou stranou, založenou násilnickým Bélou Kunem, synem židovského notáře, tvrdého leninistického ražení. Hlásal: „Dělníci nemají vlast.“ Po pádu monarchie Karla I. vzešla z převratu Maďarská republika rad a Béla Kun zavedl bolševický program: znárodnění bank a podniků, znárodnění půdy velkým hospodářům ve prospěch družstev, vytvoření ostražité politické policie. Experiment byl natolik svéřepý a nepopulární, že padl po necelých 133 dnech, 1. srpna 1919, zásahem rumunské armády.

Po svém osvobození se Mindszenty věnoval náročnému bádání a historické dokumentaci. V roce 1934 vydal významné dílo „Život a doba biskupa veszprémského biskupa Bíró Martina“. V březnu 1944 bylo Maďarsko obsazeno hitlerovským vojskem. Mindszenty – jmenovaný před nedávnem biskupem, podstupuje druhé věznění. „Nikdo nemá právo nutit národ k sebevraždě. Kdo se ptá, jakým právem tato slova pronášíme, odpovídáme: jsme Maďaři!, žijeme a chceme nadále žít a sdílet osud našeho národa. Bůh, svatý Štěpán, tisícileté zákony nám ukládají, abychom státním představitelům dávali pociťovat náš vliv. Život a smrt už dnes není otázkou politickou, nýbrž otázkou morální,“ napsal Mindszenty spolu se dvěma dalšími biskupy a arciopatem z opatství Pannonhalma, Chrysostomem Kelemenem v memorandu adresovaném předsedovi rady ministrů, Szöllösimu.

V červnu 1944 byl Mindszenty zatčen a poslán do vězení s malými výtržníky, zločinci a kapsáři. Po přesunu do věznice v Köhida se snažil slavit alespoň nedělní eucharistii: nebylo hostií, proto se používalo běžného chleba. Ve chvílích ticha bylo slyšet řev rozkazů a zněly popravčí salvy. Blížila se však Rudá armáda a o Velikonocích překročila hranice Maďarska. Starosta svolal veřejné shromáždění, aby se osvoboditelům dostalo důstojného uvítání. Pozval i biskupa ze Székesfehérvà a Mindszentyho.

Jako osvobozený vězeň byl požádán, aby pronesl uvítací řeč. Prelát však odmítl s odůvodněním, že on nebyl osvobozen, nýbrž pouze opuštěn policisty na útěku, lze tedy očekávat, že se znovu octne v těžkostech. V Maďarsku začalo nové otroctví vnucené novými vládci – Rusy. Na útoky, pomluvy a provokace proti své osobě odpovídal slovy Písma: „Přišli ti, co mne nenávidí; jsou silnější než já, zdolali mě; je to moc temnot.“ V roce 1948, o svátku svatého Štěpána, byl Mindszenty zatčen a odveden do vyhlášené, strašlivé věznice na ulici Andrassy 60. Zabavili mu breviář, růženec, „Následování Krista“, medailku Panny Marie, hodinky i Kodex církevního práva, který si bral sebou, aby se mohl bránit, protože neměl advokáta.

Formální obvinění znělo: velezrada, protože udržoval styky s Ottou von Habsburkem a americkou ambasádou, doslova „za účelem rozpoutání třetí světové války“. Ve stavu naprostého fyzického vyčerpání, v polovědomí – vzhledem k drogám, které mu přidávali do jídla, byl podroben procesu, který trval tři dny. Domnělí primasovi komplici byli odsouzeni k trestům od šesti do patnácti let. Nad ním zazněl rozsudek: doživotí! Navíc odsouzenci nebylo dovoleno se vyjádřit.

Na žaloby lidové komise a soudu musel odpovídat „ano“, „ne“. Rozsudek nabyl právní moci 14. srpna. S odsouzeným mohla promluvit jen matka, a to pod podmínkou, že se jejich rozhovor bude týkat pouze rodinných záležitostí. Dva týdny nato byla první návštěva, přičemž počet návštěv se zastavil na počtu tři. K poslední došlo 25. září 1949. Kardinál byl zbaven taláru a uvržen do strohé cely. Jednou mu nečekaně přikázali, aby si oblékl kardinálský talár a vedli ho podzemím do nádherně upraveného sálu, v němž generál Gábor Péter, přijímal své spolupracovníky. V tomto teatrálním prostředí tehdy přijal „zástupce italského tisku“. Šlo o komunistického senátora Ottava Pastoreho, který přijel z Říma, „aby se přesvědčil, že je ještě naživu“, aby tak rozptýlil zvěsti, že „už byl deportován na Sibiř“.

Kruté vězení skončilo až v roce 1956, kdy se maďarský národ chopil zbraní, aby bojoval proti sovětské invazi. Primas pronesl 3. listopadu v parlamentu historický projev na obranu svobody, který byl přenášen do celé země. Byl skutečnou duší převratu, jeho nejvěrnějším hlasem a duchovní inspirací. Téhož večera zahájily v Budapešti sovětské ozbrojené síly palbu do lidí. Město bylo v plamenech. Všude tekla krev. Vládl teror. Premiér Imre Nagy, legálně zvolený v říjnu, byl sesazen a uvězněn. Následně pak byl v roce 1958 popraven. Primasa situace zastihla právě v parlamentu, ale podařilo se mu naštěstí odejít. Ve svých „Pamětech“, vydaných v roce 1975 v Německu, píše: „Okamžitě jsem se ptal, kde je nejbližší ambasáda. Kdosi mi řekl, že nejblíž je americká. Neváhali jsme a rychle se tam vypravili. Taláry jsme schovali pod kabáty a mezi dvěma řadami ruských obrněných transportérů došli až na náměstí Svobody a odtud na americkou ambasádu. Ministr Edward Wales mne srdečně přijal jako ´symbol svobody´." Asi po půlhodině dal prezident Eisenhower telegraficky schválení, aby byl primas přijat na ambasádu. 10. července 1971 žádal papež Pavel VI. kardinála Mindszentyho, aby s ohledem na mezinárodní politiku opustil ambasádu. 28. září se Mindszenty vydal do Vídně a odtud, spolu s kardinálem Casarolim odletěl do Říma. U brány sv. Jana došlo k historickému objetí se Svatým Otcem. Pavel VI. si tehdy sundal svůj pektorál, pověsil ho na krk Mindszentymu a uvedl ho do svého paláce.

Po abdikaci na úřad arcibiskupa a primase Maďarska přesídlil do semináře „Pazmaneum“ ve Vídni, kde 6. května 1975 jako třiaosmdesátiletý umírá. Nepřekvapuje, že den po jeho úmrtí papež Pavel VI. při generální audienci začal svou promluvu připomínkou osobnosti kardinála Mindszentyho, kdy doslova řekl: „Kardinál Mindszenty je jedinečnou postavou kněze a pastýře! Horlivý ve víře, nezlomný v citech, neochvějný ve všem, co chápal jako povinnost a právo. Prozřetelnost mu dala žít jako jedné z předních postav jednoho z nejtěžších a nejsložitějších údobí tisícileté existence Církve v jeho vznešené zemi. Byl a zajisté i nadále zůstane znamením odporu, stejně jako byl předmětem úcty i násilných útoků, jednání, jež hluboce zasáhlo veřejné mínění a zvláště katolický svět, jednání, jež neušetřilo jeho posvěcenou osobu a jeho svobodu.“

Sám jednou papeži Pavlu VI. napsal: „Chci strávit zbytek svého života v Maďarsku, mezi svým milovaným lidem, aniž bych se zajímal o vnější okolnosti, které mne čekají. Pokud by to však nebylo možné – s ohledem na vášně, které se proti mně zvedají či z vyššího zájmu církve, přijmu to asi jako nejtěžší kříž svého života. Jsem ochoten zříci se milované vlasti, abych v exilu pokračoval v životě modlitby a pokání. Tuto svou oběť skládám pokorně k nohám Vaší Svatosti, v přesvědčení, že ať se po člověku žádá jakkoli těžká oběť, je nepatrná, pokud jde o službu Bohu a jeho Církvi.“ U příležitosti 100. výročí narození navštívil Jan Pavel II. hrob kardinála Mindszentyho a tehdy jeho život označil za „vzácné svědectví věrnosti Kristu, církvi a lásky k vlasti. Jeho jméno a jeho památku zůstanou navždy požehnáním.“