V letech 1960-62 se učil mechanikem počítacích strojů. V letech 1962-64 navštěvoval Divadelní akademii múzických umění DAMU, obor herectví. S Václavem Havlem, který studoval obor dramaturgie, navštěvoval stejný ročník. V letech 1963-67 působil ve stálém angažmá v Divadle Na zábradlí.
V letech 1967-68 se zúčastnil studijní stáže v mezinárodním institutu divadelní formy a výzkumu v Nancy. Tam poprvé zaslechl volání k životu zasvěcenému Bohu. V červnu 1968 pracoval jako závozník zdravotnického zásobování. V letech 1969-70 byl asistentem Divadla Za branou. Zároveň vedl dětský recitační soubor ve Šrámkově domě v Sobotce a pracoval jako lektor v Lidové škole umění na Žižkově.
Během studií na Cyrilometodějské bohoslovecké fakultě v Litoměřicích (1970-75) byl v roce 1974 zajištěn StB při modlitbě u hrobu Jana Palacha na Olšanech. Na kněze byl vysvěcen v roce 1975 v Praze. Po vysvěcení byl v letech 1975-77 kaplanem v Mariánských Lázních a dvou okolních farnostech.
Za polemiku s režimním časopisem Tvorba při jedné z promluv, ztratil v červenci 1977 státní souhlas k výkonu kněžšké služby. 4. října 1978 měl tajnou obláčku a vstoupil tak do Řádu menších bratří kapucínů (založeného v roce 1528).
V letech 1978-79 byl neoficiálním sekretářem Františka kardinála Tomáška. Ze sekretariátu kardinála byl v roce 1979, po jasném odmítnutí spolupráce s StB, propuštěn. Poté pracoval jako metař na stanici Můstek pražského metra, v letech 1980-1981 byl topičem v domově důchodců v Dejvicích, 1982-86 uklízečem na Českém vysokém učení technickém.
Věčné sliby složil tajně 10. prosince 1983. V té době vypadala jeho denní činnost takto: ráno 3.30-8.30 zaměstnání; přes den starost o vážně nemocné rodiče; večer pastorační služba "v podzemí", tajné exercicie, výuka katechismu, Písma svatého, dokumentů 2. vatikánského koncilu ve spontánních skupinách po rodinách, duchovní služba komunitám řeholních sester.
V roce 1986 byl Jiřímu Paďourovi vrácen tzv. státní souhlas s výkonem duchovenské služby a byl ustanoven kaplanem u sv. Anny v Praze na Žižkově a administrátorem v Dolních Počernicích a Kyjích. V letech 1989-91 byl administrátorem v Roztokách u Prahy, Úněticích a Nebušicích.
9. 4. 1991 byl poprvé zvolen provinciálem na první poválečné kapitule kapucínského řádu, která se konala v hotelu Barborka v Tichém údolí v Roztokách. Poté převzal od ministerstva obrany klášter a zahájil jeho rekonstrukci. 19. 9. 1994 byl znovu zvolen provinciálem řádu.
Pražským pomocným biskupem ho jmenoval papež Jan Pavel II. 3.12.1996 a současně mu udělil titulární diecézi ausuccurénskou. Biskupské svěcení přijal z rukou pražského arcibiskupa kardinála Miloslava Vlka 11. 1. 1997 ve Svatovítské katedrále v Praze. V rámci České biskupské konference je Jiří Paďour biskupem - delegátem pro mládež a zasvěcený život.
V Pražské arcidiecézi působil jako biskupský vikář pro řeholníky a řeholnice, mládež, diecézní školství, katechety, zdravotnictví, kulturu, Centrum pro rodinu a Misijní středisko.
S laskavým svolením Radio Proglas, autor Kateřina Lapčíková.