Smlouva, která vznikla v době úřadování sociálnědemokratického kabinetu Miloše Zemana, měla pomoci vyřešit vztah mezi českým státem a římskokatolickou i řeckokatolickou církví. Měla také upravovat působení největší církve v Česku ve školství, zdravotnictví, sociální péči, vězeňství nebo armádě.
Někteří poslanci v rozpravě dohodu kritizovali, podle nich je pro Českou republiku nevýhodná a dává katolické církvi výsadní postavení. Pro zamítnutí bylo 110 ze 177 přítomných poslanců.
Proti smlouvě se postavili poslanci KSČM, většina občanských demokratů a řada sociálních demokratů. Zamítnutí naopak nepodpořili lidovci a unionisté, ale ani někteří sociální demokraté a několik poslanců ODS.
Ministr zahraničí Cyril Svoboda (KDU-ČSL) důrazně odmítl, že by smlouva byla v rozporu s českým právním řádem či Ústavou, nikoho by podle něj neomezovala. Novinářům řekl, že o novém textu jednat nehodlá, protože v rozpravě neslyšel skutečné právní výhrady. Šlo podle něj o rozhodnutí, které poškodí mezinárodní pověst republiky. "Bída s ubohostí kráčela sněmovnou," uvedl. Česká republika je totiž jednou z posledních postkomunistických zemí, jež podobnou smlouvu s Vatikánem nepodepsaly. Maďarsko ji podepsalo v roce 1997, ve stejném roce dohodu ratifikoval i polský parlament, Slovensko ji podepsalo v roce 2000.
Mluvčí České biskupské konference Daniel Herman nechtěl rozhodnutí sněmovny chvíli po hlasování komentovat. "Je to tak závažná věc, že jen tak od boku se neodvážím nic říci," uvedl.
Zamítnutí smlouvy by nemělo mít praktický dopad třeba na působení katolické církve ve školách. Tyto věci totiž upravují platné zákony, a to nejen ve vztahu ke katolíkům. Svoboda si nemyslí, že rozdílné hlasování koaličních poslanců bude mít nějaký dopad na vládu. "S tím koalice nestojí ani nepadá," řekl, ale rozladěním ze zamítnutí smlouvy se netajil. Připomněl, že jejím kritikům neúspěšně navrhoval, aby ji posoudil Ústavní soud.
Například Jan Zahradil z ODS v rozpravě uvedl, že některé články smlouvy mohou být sporné z hlediska jejich souladu s českým právním řádem. Jeho stranický kolega Jiří Pospíšil řekl, že text například zavazuje Českou republiku umožnit katolické církvi vykonávat "apoštolské poslání", což je podle něj pojem, který český právní řád nezná. Svoboda poznamenal, že i v jiných mezistátních smlouvách jsou někdy pojmy, jež vnitrostátní právo nemá.
Komunistický místopředseda sněmovny Vojtěch Filip soudí, že smlouva by v podstatě omezila moc zákonodárného sboru, zvýhodnila by katolickou církev, podle něj navíc odporuje českému právnímu pořádku a Ústavě. Filip navíc připomněl, že smlouva hovoří o církevním sňatku. Tisk přitom nedávno informoval o záměru vlády zavést v novém občanském zákoníku povinnost absolvovat civilní obřad.