Po nástupu do funkce v roce 1998 přislíbil premiér Miloš Zeman přestavitelům Katolické církve, že se bude snažit o její přijetí. Dodržení slibu deklaroval i při jednání s Vatikánem, avšak v době „opoziční smlouvy“ se mu ho nepodařilo naplnit. Proto tento slib církvím opětovně potvrdil i premiér a současný eurokomisař Vladimír Špidla, který s nástupem ministra zahraničí Cyrila Svobody deklaroval snahu o vyřešení tohoto dlouhodobého problému.
Po schválení dokumentu ve vládě putoval do Poslanecké sněmovny, kde na návrh poslance a předsedy KSČM Vojtěch Filipa a poslance, nynějšího europoslance, Hynka Fajmona z ODS byla tato smlouva na 16. schůzi zamítnuta. Pro zamítnutí hlasovalo 44 poslanců ODS, 38 KSČM, 28 ČSSD. Proti byli všichni poslanci KDU-ČSL, 10 ČSSD, 4 ODS a 5 US-DEU.
Asi největší protesty církví a náboženských organizací během uplynulých čtyř let přinesl návrh církevního zákona, který byl na 45. schůzi Poslanecké sněmovny schválen. Ten podle církví omezuje náboženskou svobodu a dotýká se práva zřizovat církevní sociální a vzdělávací instituce jako charity či diakonie. Pro schválení návrhu výhradně hlasovali poslanci ČSSD (61) a KSČM (37), proti návrhu se postavili poslanci KDU-ČSL (19), ODS (19) US-DEU (3) a z ČSSD pouze jeden poslanec.
Sněmovnou také prošel po mnohaletém snažení i zákon o registrovaném partnerství osob stejného pohlaví, když bylo přehlasováno veto prezidenta Václava Klause. Pro jeho přijetí bylo 66 poslanců ČSSD, 26 komunistů, 7 z US-DEU a 2 z ODS. Proti hlasovalo 26 poslanců ODS, všichni křesťanští demokraté, 9 komunistů a 2 sociální demokraté.
Obdobné bylo i hlasování zákona umožňujícího vědecké experimenty na lidských zárodcích. Zákon prošel především díky hlasům 60-ti poslanců ČSSD, 37 hlasům komunistů, 3 poslanců z ODS a 2 z US-DEU. Proti bylo 19 lidovců, 11 občanských demokratů, 3 poslanci US-DEU a 2 demokrati sociální.
Porovnáme-li hlasování levicových a pravicových stran, tak z něho jednoznačně vyplývá, že levicové strany byly ve svých hlasování daleko vzdálenější od názorů a postojů křesťanů a církví. Nejhůře dopadli v hodnocení legislativní práce poslanci vládní ČSSD a KSČM. Naopak z hodnocení nejlépe vyšli poslanci KDU-ČSL. Spíše pozitivně je možné hodnotit i ODS. Poslanci US-DEU se nachází na pomezí obou skupin.