Po komunistickém převratu v únoru 1948 posloužila totalitní moci k perzekuci církve i událost z prosince 1949, která vešla do povědomí veřejnosti jako takzvaný číhošťský zázrak. V malé obci Číhošť na Havlíčkobrodsku se tehdy při mši v místním katolickém kostele o třetí adventní neděli během kázání faráře Josefa Toufara údajně několikrát pohnul kříž umístěný na hlavním oltáři. Dodnes neobjasněný úkaz se měl později ještě opakovat. Toufar byl zatčen a mučen a před 60 lety, 25. února 1950, ztýraný sedmačtyřicetiletý kněz zemřel na následky prasklého žaludečního vředu v nemocnici v Praze.
Vládnoucí komunistická moc označila "zázrak" za podvod, který měl být součástí protistátního spiknutí katolické církve, a případ využila k útokům na církevní kruhy. Vyšetření číhošťského zázraku svěřily špičky totalitní moci takzvané Instruktážní skupině StB, která v lednu 1950 zatkla faráře Toufara a poté se ho snažila ve valdické věznici na Jičínsku přinutit k přiznání, že pohyb kříže sám zinscenoval.
Po krutém mučení vyšetřovatelé nakonec 23. února kněze přiměli, aby podepsal protokol, v němž se k činu přiznal. Kněz zemřel dva dny nato, 25. února 1950, na následky prasklého žaludečního vředu v nemocnici v Praze, kam jej převezli z valdického vězení.
V roce 1968 řekl při vyšetřování Toufarovy smrti doktor František Mauer: "Při operaci Josefa Toufara jsem tehdy asistoval. Dělali jsme všechno, co bylo v lidských silách, ale toho člověka nebylo možno zachránit. Byl neobyčejně surovým způsobem utlučen k smrti. Řekl bych - jasná vražda!" Pochován byl do společného hrobu v pražských Ďáblicích, příbuzným byla jeho smrt oznámena až v roce 1954.
Josef Toufar se narodil 14. července 1902 v Arnolci na Jihlavsku. Původním povoláním byl truhlář, na kněze byl vysvěcen až ve věku 38 let. Jako farář působil v letech 1940-1948 v dnes již neexistující obci Zahrádce v Posázaví (kde byl velmi populární), pak nastoupil do Číhošti.
Tehdejší režim se rozhodl využít událostí v Číhošti k proticírkevní propagandě. Komunisté o údajném spiknutí nechali natočit propagandistický film. Původně v něm měl hrát Toufar, ale jeho špatný zdravotní stav to nedovolil. StB ve zmanipulovaném dokumentu představila zvláštní zařízení s provazy a táhly, s jejichž pomocí měl kněz pohyb kříže ovládat. Jak se ale později ukázalo, žádný z mechanismů buď nemohl fungovat, nebo byl na holém oltáři jasně viditelný. Dalším propagandistickým dílem podobného typu byla kniha Vladimíra Hodače Číhošťský zázrak.
Událost s údajně pohyblivým křížem v Číhošti se dodnes nepodařilo přesvědčivě vysvětlit. Případem se po roce 1989 obsáhle zabýval mimo jiné Úřad dokumentace a vyšetřování zločinů komunismu (ÚDV). Ani ten ale nepřišel s jednoznačným vysvětlením. "Můžeme se jenom dohadovat, zda akci dopředu nepřipravila státní moc, tedy zda nešlo o provokaci StB na objednávku KSČ. Víme však, komu celý případ Číhošť prospěl. Číhošť byla využita KSČ k zintenzívnění útoků proti katolické církvi, proti věřícím i proti Vatikánu," konstatovali autoři publikace ÚDV vydané v roce 2001. Právě StB mohla podle některých teorií "zázrak" zinscenovat, aby připravila půdu pro proces s církevními představiteli.
Po roce 1989 byl za podíl na fyzickém týrání kněze Toufara odsouzen vedoucí tehdejší vyšetřovací skupiny StB zaměřené na tzv. číhošťský zázrak Ladislav Mácha, jenž byl v roce 1968 soudem osvobozen, protože se mu nepodařilo prokázat přímo vraždu a zneužití pravomocí bylo podle tehdejších zákonů promlčeno. V listopadu 1999 sedmasedmdesátiletého expříslušníka StB pražský městský soud poslal s konečnou platností na dva roky do vězení. Trest ale ze zdravotních důvodů nenastoupil.
Osud pátera Toufara a dalších kněží stíhaných komunistickým režimem připomíná v Číhošti od roku 1990 památník u tamního kostela Nanebevzetí Panny Marie. Literárně případ zpracoval mimo jiné spisovatel Josef Škvorecký ve svém románu Mirákl z roku 1972.