Josef Zvěřina se narodil 3. května 1913 na Českomoravské vysočině, rodina se ale brzy přestěhovala do Vídně. Roku 1918 se vrátil s rodiči do Stříteže. Po maturitě na Arcibiskupském gymnáziu v Praze v roce 1932 studoval filozofii a teologii na Lateránské univerzitě v Římě. V roce 1937 byl v Římě vysvěcen na kněze a v následujících letech působil v duchovní správě (mimo jiné také v Sokolově a pražském kostele sv. Mikuláše na Malé Straně). V době války byl za své protinacistické postoje 13 měsíců internován v Zásmukách. V letech 1945–50 působil jako asistent křesťanské archeologie na KTF UK. Roku 1948 byl na UK promován doktorem teologie.
Léta 1950–52 strávil na vojně u PTP a roku 1952 byl odsouzen za údajnou velezradu a vyzvědačství na 22 let vězení, propuštěn byl v roce 1965. Poté vystřídal řadu dělnických profesí (topič, prodavač, skladištní dělník, kustod depozitáře Národní galerie v Praze). Založil a v letech 1968–70 řídil teologický časopis Via, z jeho podnětu začal probíhat přednáškový cyklus pro laiky Živá teologie. V roce 1969 nastoupil jako asistent na KTF v Litoměřicích, kde se habilitoval. V roce 1974 mu byl odňat státní souhlas k výkonu duchovní služby. Byl jedním z prvních signatářů Charty 77 a jejím aktivním spolupracovníkem, poradcem kardinála Františka Tomáška, členem redakční rady samizdatových Lidových novin.
Po listopadu 1989 byl jmenován čestným děkanem KTF UK a roku 1990 pověřen řízením dálkového studia teologie pro laiky a zvolen prvním prezidentem Křesťanské akademie. Byl výraznou osobností ekumenického smýšlení, s velkou morální a intelektuální autoritou. Zemřel 18. srpna 1990 v Netunnu nedaleko Říma. Za své zásluhy byl roku 1991 vyznamenán Řádem T. G. Masaryka in memoriam.
Z jeho bohaté přednáškové činnosti v 70.–80. letech vyrůstala koncepce i literární podoba jeho osobité Teologie agapé. Plodem jeho zájmu o kulturu, kterou chápal jako komplex hodnot pravdy, mravnosti, krásy a posvátného, které mají směřovat k všestrannému rozvoji a zdokonalování člověka a lidstva, je např. jeho práce Výtvarné dílo jako znak. Zabýval se však také vztahem teologie a filozofie a jeho zájem směřoval i k aktuálním otázkám politickým. Ve své stati z roku 1990 promýšlí otázky spojené s pádem komunismu (Tvář českého listopadu 1989, K novému pojetí teologie, Dopis západním křesťanům). Vytváření nové kultury v polistopadovém vývoji spojoval s křesťanstvím a hlubokou náboženskou vírou, vnášející do života lásku jako všelidský program a jako hráz proti mravním stínům.