Příčinou chladných vztahů byl protest někdejšího papeže Benedikta XVI. proti útokům muslimů na křesťany obecně a na kopty v Egyptě zvlášť.
Papež František přijal imáma Al-Azharu, který platí za jeden z nejvýznamnějších hlasů komunity sunnitských muslimů, v Apoštolském paláci. Jejich soukromá rozmluva v papežově knihovně trvala 25 minut a skončila objetím při loučení. "Toto setkání je poselství," řekl papež imámovi. Tájib a jeho delegace pak pokračovali v jednání s vatikánským kardinálem odpovědným za dialog mezi církvemi.
Mešita Al-Azhar ohlásila přerušení dialogu s Vatikánem v lednu 2011 kvůli výrokům, jimiž podle ní Františkův předchůdce útočil na islám. Nejvyšší představitel katolické církve v lednu 2011 odsoudil násilné útoky na kostely v Iráku, Nigérii i Egyptě a hovořil o nutnosti přijmout opatření na ochranu náboženských menšin. Po novoročním bombovém útoku před koptským křesťanským kostelem v severoegyptské Alexandrii pak vyzval egyptskou vládu k ochraně křesťanů. Incident si vyžádal na 20 mrtvých a vyprovokoval demonstrace muslimů i křesťanů proti sektářskému násilí.
I když od té doby útoky muslimů na křesťany pokračovaly, Vatikán a Al-Azhar vztahy obnovují. V únoru navštívila vatikánská delegace Káhiru.