Kanonická mise je oficiální církevní pověření vyučovat teologii, a tím také formovat studenty, zejména kandidáty kněžství, jménem katolické církve. Podle statutu KTF UK patří takovýto kanonický mandát ke kvalifikačním předpokladům učitele; bez něj není způsobilý zastávat místo akademického pracovníka fakulty.
Již v minulých letech dostal prof. Wolf napomenutí pro své chování a postoje, které neodpovídaly tomu profilu učitele, který vyžaduje církevní dokument "Sapientia Christiana", jímž se řídí katolické teologické fakulty na celém světě.
Koncem minulého roku nebyla ministerstvem školství udělena nová akreditace pražské KTF pro šest studijních programů (dva magisterské a čtyři doktorské). Zároveň byly omezeny některé kompetence akademických orgánů; z tohoto důvodu byl jmenován prozatímním správcem rektor Karlovy univerzity prof.Ing. Ivan Wilhelm, CSc.
Vědecká rada KTF UK na svém březnovém zasedání zhodnotila současnou situaci a označila jmenovitě osoby, které tuto situaci v minulosti zavinily a ohrozily tak existenci nejstarší dosud existující teologické fakulty ve střední Evropě. Na prvním místě byl mezi nimi jmenován prof. Václav Wolf, který se od r. 1990 až do nedávné minulosti v různých funkcích, též jako děkan, přímo i nepřímo podílel na vedení fakulty.
Všichni biskupové České církevní provincie pak 17.4.2002 písemně vyzvali kardinála Miloslava Vlka, Velkého kancléře fakulty, aby neprodleně zahájil proces odnětí kanonické mise prof. Wolfovi. V dopise, který všichni podepsali, rovněž uvedli konkrétní důvody této žádosti. Velký kancléř po konzultaci s římskou Kongregací pro katolickou výchovu a za jednoznačného souhlasu všech zúčastněných stran následně, s okamžitou platností, odňal prof. Wolfovi kanonickou misi.
Prof. Wolf zůstává děkanem Kolegiátní kapituly Všech svatých na Hradě Pražském a správcem tohoto hradčanského kapitulního chrámu.