Církev byla jedinou velkou státem povolenou institucí, která ze své podstaty stála v příkrém protikladu ke komunistickému režimu. Ten ji sice povolil, či lépe řečeno trpěl (kvůli zahraničí), ale současně udělal řadu opatření, aby ji měl přesto v rukou. Výchozím bodem byl zákon č. 218 a 219/49 Sb., o hmotném zabezpečení církví. Stát jim odňal všechen majetek a dal jim „velkodušně“ hmotné zabezpečení – ale právě v tom byla nastražená past. Plat byl úzce spojen s tzv. „státním souhlasem k výkonu duchovenské služby“. Ten „výkon“ byl vázán na státní dozor nad církví. A státu se leckdy nelíbilo, když v nějaké farnosti rostla „religiozita“. V takovém případě stát, resp. jeho „orgán“ na každém okrese – jmenoval se „církevní tajemník“ (vtipně, ale pravdivě se říkávalo „proticírkevní“ tajemník), většinou také příslušník StB – přeložil takového kněze (samozřejmě přes mechanismus církevní správy) za trest na nějaké nevýhodné místo do pohraničí, na rozbitou faru apod. Zdůvodňovat to nemusel, poněvadž navenek to padalo na konto církevních představených. V horším případě odňal státní souhlas a plat a církev – biskup nebo ten, kdo ho zastupoval – nemohl v té věci učinit vůbec nic. V posledním případě si musel postižený hledat civilní zaměstnání a nesměl veřejně vykonávat nic, ani mít bohoslužby, ani kázat – nic. A to úřady takovým kněžím ještě vyhrožovaly, že nesmějí mít bohoslužby ani sami v soukromí.
Byla tedy situace asi jako ve válce, kde stojí proti sobě dvě fronty a nepřítel vám určuje, jak máte rozmístit vojáky či vedení vojska.
A vedle těchto tvrdých administrativních opatření, která byla přikrývána úsměvnou fasádou dobrých vztahů mezi církví a státem pomocí „loajální“ organizace Pacem in terris, byla zde ještě systematická činnost příslušného oddělení StB, které prostřednictvím svých špiclů ve farnostech i při bohoslužbách pečlivě sledovalo působení a život církve.
Toto výše uvedené čtyřicetileté státní pronásledování mělo svou velkou předehru na počátku padesátých let – teroristické přepadení klášterů, svezení řeholníků a řeholnic do zvláštních koncentračních lágrů, odsouzení čelných církevních a zvláště řeholních představených, pozavírání či izolování biskupů, dosazení nějak zavázaných či zkompromitovaných osob do čela diecézí, jak tomu bylo u všech legálních i nelegálních struktur, likvidace aktivních kněží, kteří šli buď do vězení, nebo k proslulému PTP, pracovnímu technickému praporu. To byla „dělostřelecká příprava“ na pozdější boj církevních tajemníků a estébáků proti kněžím, kteří v této rozbité církevní struktuře zůstali, izolováni jeden od druhého, bez opory svých představených.
Kněz směl působit pouze v té farnosti, kde měl státní souhlas. Když farář ze sousední farnosti v nemoci či v jakékoliv obtížné situaci potřeboval pomoc, musel k tomu být vydán zvláštní státní souhlas. Když nějaký kněz měl např. oddávat své příbuzné v rodné farnosti, nebo pohřbívat svou vlastní matku, mohl to udělat jen se zvláštním svolením církevního tajemníka. O tomto zotročení by bylo možno psát knihy. A když v takové situaci pak estébáci využili nejrůznějších osobních problémů, těžkostí i chyb nebo charakterových vlastností kněze (např. strachu), pak je pochopitelné, že někteří v soukolí takového útlaku, většinou nedobrovolně, zůstali.
Lustrace se podle znění zákona církve bezprostředně netýkají. Církev však má dvoutisíciletou zkušenost s pokáním, ano i s veřejným pokáním na počátku svých dějin. Dovede dobře ohodnotit jeho očistný smysl. Ale pokání a lustrace mají k sobě daleko. Jsme si dobře vědomi, že se společnost musí bránit proti vnitřním nepřátelům. Je však otázka účinné a spravedlivé cesty. Pouhé uveřejnění holých jmen nemůže spravedlivě zobrazit podíl lidí na deformacích minulé doby. Seznamy nepostihnou všechny, a hlavně ne ty velké ryby. A pak – pouhé jméno v seznamu nemůže nikdy vystihnout celé drama, které se za takovým údajem často skrývá. A i kdyby – nemůže dovést k pokání, k vnitřní ochotě věc napravit, k opravdové očistě společnosti a mezilidských vztahů. Usilovat totiž o ochranu společnosti je jen první krok. Nutno mít také na zřeteli viníka a jeho proměnu – to je ta pravá ochrana. My, biskupové Čech a Moravy, jsme šli napřed: požádali jsme o odpuštění za slabosti a chyby našich členů, udělali jsme první krok.
V církvi jdeme jinou cestou, cestou pokání, ne lustrací. Neřešili jsme celou záležitost získáním nějakých seznamů. Před měsícem jsem napsal všem kněžím bez rozdílu osobní dopis. Vyzval jsem ty, kteří v mechanismu estébáckého pronásledování uvízli, aby přišli a v osobním rozhovoru vyjasnili, jak věci byly. Přišla nebo důvěrný dopis napsala řada kněží arcidiecéze. Vím, že nepřišli třeba všichni, ale vážím si svobody, s jakou dotyčný takový krok udělal, více než sehnání seznamů a odškrtávání jmen. I když se jinde postupuje jiným způsobem, stejně se také nepostihnou všichni viníci.
Krok pokání musí být svobodný! Proto jsem všem svobodu nechal. Jedině v ní mají ony rozhovory či dopisy, odpuštění a usmíření svou cenu. A tato nově vytvořená atmosféra důvěry pak ochrání i před těmi, kteří tento krok svobodně neudělají. Nikdo z nich nemá možnost škodit, je to spíše pouze osobní slabost a neschopnost udělat krok a nevíra v očistnou moc pokání. Snad někdy i psychologické vytěsnění vědomí viny či její omlouvání a bagatelizování. Pokání je síla, která tvoří nové věci, ne bomba, která ničí.
Řada těch, kteří přišli, otevřeně vyprávěla, jaké drama prožili, a byli vděčni, že tento krok mohli udělat a že jim byla podána pomocná ruka, že mohli pocítit přijetí a že byl jako by nastolen nový bratrský vztah. Často nastolovali otázku: „Co mám dělat, abych věci napravil?“ Musím upřímně říci, že jsem zřetelně viděl, že případná spolupráce byla výsledkem tvrdého pronásledování, jehož obětí se stali, a že byl-li někdo poškozen, byly to samy oběti.
Oboustranně jsme cítili, že se určitá nejistota, možná napětí, uvolňuje, atmosféra se čistí a vztahy odlehčují. Znovu jsme poznali, že náprava věcí se musí uskutečnit spoluprací obou stran jako most zakotvený na obou březích řeky.
Pochopili jsme znovu, že dar, který v rukou máme – pokání – je otevíráním nové cesty tam, kde není jinak východisko. Vychází z hlubokého vědomí, že každý z nás má dluhy vůči druhým a potřebuje odpuštění. Jen ti, kdo se cítí farizejsky čistí, mohou hodit první kamenem.
Miloslav Vlk, arcibiskup pražský, Katolický týdeník č. 21, 24. 5. 1992