Samotná podoba nezávislého ekumenického projektu ChristNet.eu, jak ho znají naši čtenáři dnes,  začala fungovat začátkem roku 2000. Na jeho zprovoznění a na vytvoření prvního týmu měl velikou zásluhu tehdejší šéf celého webu ChristNet.eu a šéfredaktor Magazínu ChristNet.eu v jedné osobě Robert Němec.

Jeho první vize o práci dobrovolníků zadarmo na profesionální úrovní se postupem času ukázala jako mylná a většina lidí po některých neshodách během několika měsíců z ChristNet.eu odchází. Finanční stránka projektu ChristNet.eu tak začala být hlavní překážkou jakéhokoliv dalšího rozvoje.

Další mylná idea byla, že si projekt na svůj provoz vydělá reklamou. Ani to se nepodařilo, a proto se od začátku roku 2001 velmi intenzivně začínají shánět peníze na provoz. Původní přemrštěné finanční požadavky, mnoho inzerentů nepřilákaly.

Velkou ranou pro ChristNet.eu, jak se zpětně ukázalo, bylo šíření nálepky označující web za "křesťanský bulvár". Toto označení, používané určitými (snadno doložitelnými) kruhy v Římskokatolické církvi, bylo pro existenci ChristNet.eu téměř smrtelné. Někteří inzerenti si u nás odmítali nadále zadávat jakoukoli reklamu s tím, že pokud by tak učinili, mělo by to negativní dopad na jejich podnikání.

Je třeba objektivně říci, že tuto nálepku si Magazín ChristNet.eu za některé články (například v "Kauze Novák-Graubner-Merta"), za určitý styl psaní a editaci nadpisů zasloužil. Postupem času se však stalo pravidlem, že v Magazínu ChristNet.eu byly za bulvár označovány téměř všechny publicistické články, které měly trochu progresivnější nadpis nebo otevřenější obsah.

Také se projevila velká potřeba osobních vztahů. Během prvního roku fungování se celý tým lidí pracujících na ChristNet.eu nesetkal, a tito lidé se tudíž vzájemně vůbec neznali. První větší setkání bylo naplánováno na jaro roku 2001 na Vysočině, na faře ve známé obci Číhošť, kam však dorazili pouze čtyři lidé.

Během podzimu roku 2001 přišel Robert Němec s nápadem možnosti existence ChristNet.eu na základě placeného zpravodajství. Tato vize, přebraná ze zahraničí, však nebyla zbytkem týmu schválena. Postupem času, kdy u nás postupně zkrachovaly všechny systémy mikroplateb za obsah na internetu se ukázalo, že toto rozhodnutí bylo správné.

Druhé setkání v únoru 2002 již bylo setkáním většiny lidí, kteří tehdy v týmu ChristNet.eu pracovali. Většina členů sdružení ChristNet.eu tehdy Roberta Němce přesvědčila, že by web mohl vyzkoušet variantu dobrovolných příspěvků od našich čtenářů. V případě neúspěchu kampaně, měl portál ChristNet.eu skončit. V této době již byl ChristNet.eu značně zadlužen nejen vůči poskytovateli telefonních služeb, ale především vůči svým zaměstnancům.

Kampaň, která byla spuštěna na konci dubna 2002 trvala více jak 2 měsíce. Během ní bylo vybráno od drobných dárců přes 70 tisíc korun. Z těchto peněz ChristNet.eu pokryl dluhy z předchozích období a zbytek peněz byl použit na provoz.

Zde musíme otevřeně uvést, že největší část financí byla použita na úhradu účtů za telefon(především dvou bývalých redaktorů, kteří tuto částku museli buď uhradit, nebo si ji odpracovat) a na zaplacení drahého digitálního fotografického přístroje. Nová příspěvková kampaň uspořádaná v prosinci nepřinesla téměř žádné finanční výsledky.

Kvůli stagnaci webu ChristNet.eu byl na podzim 2003 ustanoven šéfredaktorem magazínu dosavadní programátor Jan Fical, který tuto funkci zastává dosud. Během podzimu ChristNet.eu navázal spolupráci s bývalým šéfredaktorem a ředitelem Katolického týdeníku, dominikánem P. Milanem Norbertem Badalem.

Na jaře 2003 pak do sdružení ChristNet.eu vstoupilo několika podnikatelů z okolí Brna, v téže době byla uspořádána další finanční kampaň; podobná akce byla zopakována ještě na podzim. Od drobných dárců dostal ChristNet.eu v roce 2003 kolem 60 tisíc korun.

V té době začala vnitřní proměna portálu ChristNet.eu, kdy se sáhlo k úsporným opatřením. Prvním krokem bylo omezení telefonů a zrušení některých telefonních čísel. Dalším krokem bylo výrazné snížení honorářů pro zaměstnance ChristNet.eu a rozhodnutí platit pouze existenční výdaje bez zbytečných investic do vybavení.

V říjnu roku 2003 byla vytvořena nová koncepce portálu ChristNet.eu, který by měl být profesionálním ekumenickým křesťanským informačním serverem, jenž v sobě zahrnuje také prvky zábavy (diskuse, pohlednice atd.). Výraznou proměnou prošla práce a platy editorů, korektorů a redaktorů Magazínu ChristNet.eu, kteří jsou placeni na základě odvedeného výkonu. Do budoucna koncepce počítá s vylepšením zastaralé grafiky, zlepšení přehlednosti stránek, zvýšením denního počtu zpráv a rozšíření okruhu přispěvovatelů. Zda jsou tyto plány reálné, ukáže nejlépe čas.